آیت‌الله سیدجعفر شبیری زنجانی معتقد است امام به دلیل اعدام‌های دهه شصت خلخالی را کنار گذاشت.
به گزارش جماران، مهم‌ترین بخش‌های گفتگوی آیت‌الله سیدجعفر شبیری زنجانی را در ادامه می‌خوانید:
امام همواره به علمایی که قبل از انقلاب هم با ایشان مخالفت می‌کردند، احترام می‌گذاشتند. نشنیدم که امام علیه هیچ یک از آقایان چیزی بگویند. حتی درباره بعضی‌ها که مسائلی هم داشتند، ندیدم که کوچکترین چیزی در خارج بروز بدهند و چیزی بگویند.
آخر دوره آقای لاریجانی بود که آقا می‌خواستند فرد دیگری را وارد کنند که من با آقا صحبت کردم و گفتم خارج از قوه کسی را نیاورید چون مشکل آفرین است. کسی باشد که مدتی در کنار رئیس قوه کار کرده باشد و پختگی پیدا بکند که آقا دوباره آقای لاریجانی را انتخاب کردند و بعد آقای اژه‌ای معاون اول ایشان شد.
من که آن زمان هنوز وارد قوه قضائیه نشده بودم، ولی بعدها از کسانی که در دیوان عالی کشور بودند، شنیدم که گفتند آقای بهشتی با اینکه هیچ سابقه‌ای هم در قوه قضائیه ندارد، روز اول که آمد، هیئت امنای دیوان عالی کشور را تشکیل داد و اینقدر جلسه را عالی اداره کرد که ما بهت‌زده شده بودیم.
آقای خلخالی هم یک کارهای مثبتی انجام داد ولی اعدام‌هایی انجام داد که امام او را هم کنار گذاشتند، ولی کارهای اولیه‌ای که انجام داد، انصافاً کار او بود که توانست انجام بدهد ولی یک مقدار در یکی از جریانات امام متوجه شدند تعدادی افراد بی‌حساب اعدام شدند و به همین دلیل او را کنار گذاشتند. اینکه بخواهند مشکلات قوه قضائیه را حل کنند، آقای بهشتی با آن قدرتی که داشت به ما می‌گفت مشکلات قوه قضائیه را هیچ‌کس نمی‌تواند حل کند و هرکسی بیاید در این کار بدنام خواهد شد. این مشکلاتی که این نظام دارد، مشکلات ریشه‌ای و اساسی است و هیچ جای دنیا نیست که تمام مشکلاتشان حل شده باشد؛ ابرقدرت‌ها هم نتوانستند. با مشکلاتی که داریم، همین مقداری که پیشرفت کردیم این از هنر امام است. به همین دلیل امام فرمودند که طرفدار ولی فقیه باشید تا مملکت‌تان آسیب نبیند.
درخواست عفو عمومی رئیس قوه قضائیه از رهبر معظم انقلاب در خصوص محکومان حوادث سال گذشته نشان از پختگی حجت‌الاسلام و المسلمین اژه‌ای است. واقعاً نمی‌شد که از دم اعدام کنند.
من در زمان آقای خاتمی، درباره مسئله حجاب به آقای هاشمی گفتم که مملکت دارد به طرف لائیک شدن پیش می‌رود. گفت من به آقای خاتمی گفتم که اگر مملکت لائیک بشود، خواهند گفت پسر حاج سید روح‌الله خاتمی آمد این کار را کرد؛ ولی آقای خاتمی گفت که نتیجه عمل شماست.
به آقای هاشمی رفسنجانی گفتم زمان شما این کار شد و زمان آقای خاتمی هم یک مرتبه این فشار برداشته شد و عکس‌العملش زمانی پیش می‌آید که در کوچه، من آخوند را اگر بدون پاسدار ببیند، عمداً آن روسری را هم که دارد، کنار بیندازد و به من دهن کجی بکند.