در دهه های قبل از پیروزی انقلاب اسلامی، مخالفان اسلام، سه اتهام سنگین به اسلام میزدند که در هر سه صحنه باید نام آورانی قوی پیدا می شدند تا بتوانند به این سه اتهام پاسخ دهند و اذهان مردم و جهانیان را روشن کنند؛ اتهام اول: میگفتند تعالیم اسلام مبنای عقلی و علمی ندارد. اتهام دوم: دین را عامل تخدیر تودهها دانسته و می گفتند اسلام دین سکون و سکوت است نه ایدئولوژی مبارزه و حرکت دهنده توده های مردم. اتهام سوم: می گفتند اسلام با زور شمشیر، مردم را مسلمان کرده و لذا این دین مظهر خشونت است و مسیحیت را مظهر صلح و آشتی قلمداد می کردند. البته اتهامات دیگری نیز به اسلام می زدند که تقریبا بقیه در درون این سه نوع اتهام و در امتداد آنها قرار داشت. مثلا می گفتند دین اسلام، توانایی ایجاد حکومت را ندارد که این مورد در ادامه اتهام دوم مطرح می شد.
اما در پاسخ به اتهام اول (نداشتن مبنای عقلی و علمی) افراد فهیم و توانمندی در دانشگاه و حوزه ظاهر شدند و با سخنرانی ها و انتشار کتب فاخر، مبانی عقلی و علمی اسلام را تشریح کردند. کتب زیادی توسط اساتید دانشگاه و متخصصان رشته های مختلف انتشار یافت که از ثبات وجود خدا تا معاد و نبوت و سرنخ های علوم طبیعی در قرآن و شرح آیات و سوره هایی از قرآن مجید که موید برخی قوانین، تئوری ها و اصول علمی بود را در بر میگرفت. در این زمینه ها پزشکان، فیزیک دانان، زیست شناسان، ریاضی دانان و دانشمندان داخل و خارج ایران آثاری را از خود به جای گذاشتند که برخی از آنها نه فقط به دفاع از پایه های علمی اسلام می پرداخت بلکه همه ادیان را شامل می شد و روح و ذهن زلال و تشنه جوانان و محققان را سیراب می کرد. اما در حوزه عقلی نیز فلاسفه و حکمای بزرگی پیدا شدند که از مبانی عقلانی دین، خوب دفاع کردند. یکی از این مردان بزرگ و نام آوران که تقریبا همه فلاسفه، علما و بعضی از مراجع تقلید فعلی از شاگردان او بودند، مرحوم علامه طباطبایی (رحمه الله علیه) بود. علامه طباطبایی با تالیف کتاب «اصول فلسفه و روش رئالیسم» به اتهامات همه مکاتب ماتریالیستی و ایدهآلیستی پاسخ قوی و عقل پسند داد و شاگرد پرآوازه او استاد شهید مطهری با شرح پاورقیهای پخته و نکته سنج خویش بر غنای این چند جلد کتاب افزود. در آن زمان که امواج اندیشههای مارکسیستی همه جوانان و روشنفکران را احاطه کرده بود، چاپ و انتشار کتاب اصول فلسفه و روش رئالیسم بزرگترین تکیهگاه جوانان مسلمان تحصیل کرده بود. علامه طباطبایی با هضم و فهم دقیق حکمت متعالیه ملاصدرا و مشرب های عرفانی، بعد از ملاهادی سبزواری، پرچمدار فلسفه و حکمت گردید. اگر ملاصدرا فلسفه مشاء، فلسفه اشراق، عرفان و کلام را در هم آمیخت و با ایجاد وحدت بنیادی بین اصول آنها و نوآوری بینظیر، حکمت متعالیه را بنیان نهاد، علامه طباطبایی در سطح پایینتری با به روزرسانی عقلانی و علمی تعالیم ملاصدرا به سوالات روز مخالفان اسلام پاسخ درخور داد و با تحریر کتاب اصول فلسفه و روش رئالیسم و در کنار آن کتاب های بدایه الحکمه و نهایهالحکمه، حرف اول را صد سال گذشته زد.
تفسیر قرآن او نیز بیشتر بر مبنای عقل و عرفان و تفسیر آیه به آیه نگارش و جایگاه ویژه ای در حلقه محققان یافت. به جرات می توان گفت که امروز در بین علمای بنام هرکه هرچه از فلسفه و حکمت دارد از برکت شاگردی و یا مطالعه آثار گران بهای علامه طباطبایی دارد. گرچه هر انسانی قابل نقد است و علامه از این قاعده خارج نیست ولی جنبه غالب اندیشه های او، تابناک و در قله معارف بشری است. 30آبان سالروز عروج ملکوتی او گرامی باد؛ روحش شاد.
پیروان عقل و اندیشه تا همیشه افزون باد. (پاسخ به اتهامات
دوم و سوم و بررسی ابعاد آن را به فرصت دیگری واگذار میکنیم.)