فرزندان زن ایرانی که به واسطه ازدواج با مرد خارجی، تابعیت ایرانی خود را از دست داده، از داشتن شناسنامه ایرانی محروم خواهند شد و تبعه کشور متبوع پدر محسوب می‌شوند.
نداشتن تابعیت فرزندان حاصل از این ازدواج‌ها، نبود ضمانت‌نامه قانونی و رسمی برای پایبندی زوج به ادامه زندگی و پرداخت نفقه، نامشخص بودن وضع حضانت و قیومیت فرزندان در صورت فوت زوج یا زوجه یا هر دو، بلاتکلیفی وضع هویتی فرزندان آنان، پیگیری نکردن مسائل حقوقی و اقامه دعوی از سوی زوجه علیه زوج به سبب ثبت نشدن ازدواج، از جمله مشکلاتی است که برای این دسته از زنان ایجاد شده و طبیعی است که پیامدهای فرهنگی و اجتماعی بسیاری به دنبال دارد.
محرومیت از تحصیل و عدم بهره‌مند شدن از بسیاری از حقوق اولیه از جمله حقوق اقتصادی، آموزشی، فرهنگی و سیاسی زنان ایرانی و فرزندان آنها نتیجه عدم رعایت قوانین در انجام چنین ازدواج‌هایی است و این مسئله نه تنها آینده فرزندان را تهدید می‌کند بلکه برای کشور نیز آسیب‌های جدی به دنبال دارد، حال چه در ایران ساکن باشند و چه در افغانستان.
البته لازم است که دولت و سایر دستگاه‌های مربوط در مواجهه با این گروه از زنان و کودکان انعطاف بیشتری نشان دهد و به گونه‌ای عمل کند که زنان ایرانی نیز دچار آسیب نشوند.
آسیب‌پذیر شدن امنیت مناطق مرزی
ورود و خروج غیرقانونی مهاجران، سبب پایین آمدن ضریب امنیت در مرزها می‌شود و مشکلات امنیتی و سیاسی بسیاری برای کشور ایجاد می‌کند.
علاوه بر این گسترش هرج و مرج در مرزها کنترل مرزها را دشوارتر کرده و دولت باید هزینه زیادی برای تأمین امنیت این مناطق بپردازد.
مسئله دیگری که ورود و خروج غیرقانونی این مهاجران به دنبال دارد این است که اغلب این افراد مخفیانه و به صورت قاچاقی و غیرقانونی وارد ایران می‌شوند و مسئله قاچاق انسان را ایجاد می‌کنند.
علاوه بر این، مهاجرت غیرقانونی به عنوان فعالیت سودآور مطرح می‌شود. مهاجرت غیرقانونی توسط باندهای تبهکار، سازمان‌دهی می‌شود. باندهای مستقر در خارج، این کار را به یک فعالیت تجاری بسیار منطقی و منظم تبدیل کرده‌اند.
حاشیه‌نشینی
از جمله تبعات منفی حضور غیرقانونی افغان‌ها در ایران، گسترش حاشیه‌نشینی در شهرهای مختلف است.
از جمله دلایلی که باعث شده آنها حاشیه شهرها را انتخاب کنند، وجود منازل مسکونی با اجاره‌بهای کمتر از نقاط مرکزی شهر، دور بودن از قوانین و مقررات سختگیرانه حاکم در مرکز شهر، اشباع نقاط مرکزی شهر از جمعیت و ... بوده است.
اغلب این مهاجران به دلیل فقر به حاشیه‌نشینی روی آورده‌اند که این امر نه تنها سبب ایجاد چشم‌اندازهای نامناسب در شهرها می‌شود بلکه در این مناطق امکانات بهداشتی در سطح بسیار پایینی است که برای خود مهاجران نیز مشکلات بسیاری ایجاد می‌کند.
تغییر در ساختار و ترکیب جمعیت
برخی از تبعات منفی حضور غیرقانونی افغان‌ها ناشی از سبک زندگی متفاوت خانواده‌های افغانستانی و ایرانی است. به عنوان مثال سن ازدواج در بین جوانان ایرانی بالا رفته، خانواده‌ها اغلب تمایل به داشتن یک یا دو فرزند دارند و علاوه بر اینها آمار طلاق در بین خانواده‌های ایرانی بالاست.
در مقابل اغلب افغان‌ستانی‌ها به ارزش‌های خانواده‌های مهاجر افغان، شاهد ازدواج‌های زودهنگام دختران و پسران، گرایش به داشتن فرزندان بیشتر و منفی دانستن پدیده طلاق هستیم و در صورتی که روند حضور غیرقانونی مهاجران افغان کنترل نشود، ممکن است در سال‌های آینده در ترکیب جمعیتی کشور مؤثر شود.
مسائل فرهنگی
سطح پایین سواد و آموزش و آگاهی عمومی مهاجران افغان، بی‌شک تبعات منفی بسیاری برای کشور و به ویژه شهرهایی که این افراد در آنجا سکونت دارند به دنبال دارد.
نه تنها مسئله نداشتن تابعیت مهاجران غیرقانونی سبب بی‌سوادی گسترده در بین آنها شده است، بلکه مسائلی همچون عدم تأمین امکانات تحصیل فرزندان، فقر اقتصادی و ضرورت اشتغال همه افراد خانواده و جابه‌جایی زیاد از شهری به شهر دیگر سبب شده است این گروه از مهاجران نتوانند از سواد و آموزش مناسبی برخوردار شوند.
تبلیغات وهابیت در بین مهاجرین
این مسئله زمانی اهمیت می‌یابد که اغلب مهاجران افغان در شهرهای مرزی ایران همچون سیستان و بلوچستان زندگی می‌کنند و از آنجا که در این شهرها دستگاه‌های تبلیغاتی وهابیت فعال است، این امر می‌تواند پیامدهای منفی بسیاری برای این مهاجران و ساکنان شهرهای مرزی به دنبال داشته باشد.
مهاجرین غیرقانونی از احقاق حقوق محروم هستند
البته حضور غیرقانونی افغان‌ها موضوعی نیست که پیامدهای آن تنها دامن کشور و دولت ایران را بگیرد بلکه در درجه اول خود افغان‌ها از حقوق بسیاری محروم می‌شوند و علاوه بر این توانایی احقاق حقوق خود را ندارند.
به نظر می‌رسد که بازگشت افغان‌ها و مشارکت آنها در بازسازی افغانستان و حل مشکلات این کشور در شرایط فعلی نه تنها در امنیت و آرامش خود مهاجران مؤثر خواهد بود، بلکه ثبات و امنیت در افغانستان، بی‌شک در گسترش امنیت کشورهای منطقه تأثیر زیادی خواهد گذاشت، به ویژه افغان‌ها روحیه سخت‌کوشی و بردباری بسیاری دارند و این ویژگی‌ها در مواجهه با مسائل داخلی و تلاش برای مرتفع کردن آنها کمک بسیاری خواهد کرد.