تغییر در ساختار تشخیص مصلحت نظام و تبدیل کردن آن به تشکیلاتی شبیه شورای عالی انقلاب فرهنگی که به شیوه دبیر‌خانه‌ای اداره شود با ملاحظاتی همراه است. یکی از این ملاحظات کم رنگ تر شدن نقش رئیس مجمع خواهد بود. شورای عالی انقلاب فرهنگی به گونه ای است که گرچه رئیس جمهور، رئیس آن است اما نقش پایین دست‌ها که در قالب دبیرخانه آن را اداره می‌کنند، بیشتر و تاثیرگذارتر است. با توجه به ماهیت کار مجمع که با شورای عالی انقلاب فرهنگی تفاوت دارد و بحث حل و فصل اختلافات بین مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان کار حساس و مهمی است، قطعا جایگاه رئیس درآن بسیار متفاوت‌تر از جایگاهی است که رئیس شورای عالی انقلاب فرهنگی در این شورا دارد.
مجمع، محل تجمع افرادی است که جزء افراد رده اول یا دوم و سوم نظام در قوای مجریه، مقننه و قضائیه بوده و بعضا هستند و ریاست بر آن مجموعه توانمندی بالایی می طلبد. مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی تنها فردی در کشور بود که هم هشت سال رئیس قوه مقننه، هم هشت سال رئیس قوه مجریه، چند سال رئیس مجلس خبرگان و هم در زمان جنگ فرماندهی جنگ را به عهده داشت و لذا هیچکس نداریم که تجارب قدرتمندی به صورت یکجا به این اندازه در خود جمع کرده باشد چنین فردی برای اداره مجمع مشکلی نداشت چون با همه اعضای آن در مجلس یا دولت یا نیروهای مسلح به عنوان رئیس سر و کار داشته و مقبولیت مدیریتی داشت. با این توصیف به نظر می‌رسد برای تغییر در ساختار مجمع نیز باید تشکیلات منحصر به فردی بالاتر از تشکیلات شورای عالی انقلاب فرهنگی برای آن تعریف کردکه همچنان از قوت و قدرت و استحکام فعلی بهره مند باشد و سطح آن تنزل پیدا نکند. شاید در مورد تغییرات ساختاری تاکنون اعضای مجمع و افرادی خارج از مجمع نظرات مشورتی به رهبری انقلاب داده باشند که یکی از آنها می تواند در مورد نحوه انتخاب رئیس مجمع باشد و آن اینکه اعضای مجمع بتوانند از میان خود و یا خارج از مجمع فردی را با اکثریت آرا به عنوان رئیس انتخاب و به رهبری معرفی کنند و یا سه نفر را انتخاب و معرفی کرده تا رهبری بنا به نظر خود از میان آنها یکی را به ریاست مجمع منصوب کند در این صورت چون اکثریت خود اعضای مجمع به وی رای داده اند، پذیرش وی نیز در بین آنان بالاتر و زمینه همکاری بیشتر خواهد بود.